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R中输出常见位图和矢量图格式总结

来源:http://www.tudoupe.com时间:2022-02-01

非度量多维标度(Non-metric Multidimensional Scaling,NMDS)是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类,同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。

与PCoA相似,NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析,但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系,NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。

来看看R的vegan包和ggplot2包是如何绘制NMDS图的。

使用数据文件如下:

①otu_table.txt

②group.txt

1

调用vegan包metaMDS()函数执行NMDS,读取数据;

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